Ústní (orální) fáze trávení končí posunem rozžvýkané stravy jazykem proti stropu ústní dutiny a dále do ústního oddílu hltanu (orofarynx) – dutiny v zadní části hrdla. Dolní, tzv.hrtanová část hltanu (hypofarynx) se zcela podílí na polykání. Tato část leží přímo za hrtanem a její stěna je napojena na štítnou a prstencovou chrupavku hrtanu, které svými pohyby pomáhají tvořit hlas. Svaly pohání sousta potravy touto částí hltanu.
První část polykání je volní (vůlí ovladatelná) činnost, nad níž máme vědomou kontrolu. Avšak jakmile se potrava dostane až k zadní části jazyka, je další pokračování polykacího procesu již nevědomou, automatickou činností. Sousta potravy nesklouznou prostě dolů jícnem do žaludku, ale jsou aktivně tlačeny dolů řadou vlnovitých kontrakcí – procesem zvaným peristaltika. Průchod potravy je tak aktivním procesem, a ne jen pasivním mechanizmem závislým na gravitaci. Proto můžeme jíst a pít, když stojíme na hlavě, jako když sedíme.
Jakmile je potrava v hltanu, proběhne několik činností během pár vteřin, které brání vzájemným kolizím mezi polykáním a dýcháním. Svaly hltanu se stáhnou a zatlačí sousto potravy směrem k hornímu konci jícnu. Současně další svaly hrdla a obličejové svaly zdvihnou jazyk proti stropu ústní dutiny, takže potrava se nedostane zpátky do úst; pohnou také měkkým patrem dopředu, což brání potravě dostat se do prostoru zadní části nosní dutiny, a uzavřou hrtanovou záklopku (epiglotis) přes napřímený hrtan, takže potrava se nemůže dostat do hrtanu, průdušnice a plic. V případě, že se epiglotis neuzavře včas, dostane se potrava nebo tekutina do hrtanu; spolknutý obsah je vypuzen usilovným kašlem ven.
Horní část jícnu uložená na krku leží bezprostředně za průdušnicí. Vstupuje do hrudníku, kde probíhá v zadním mezihrudí. Na vrcholu hrudníku se jícen ohýbá mírně vlevo a probíhá za levou průduškou. Pak prochází bránicí a napojuje se na horní konec žaludku.
Jícen je elastická trubice asi 25 cm (10 palců) dlouhá a má průměr asi 2,5 cm (1 palec). Stejně jako zbytek trávicí trubice tvoří jícen 4 vrstvy: vystýlající sliznice umožňující snadný průchod potravy dolů, podslizniční vrstva udržující sliznici na správném místě, poměrně tlustá svalová vrstva skládající se jak z cirkulárních, tak i podélných (longitudinálních) svalových vláken a konečně zevní ochranný obal.
Jícen od žaludku neodděluje zřetelný svěrač (tedy stahující se svalový kruh, který je například ve východové části konečníku). Žaludeční šťávy jsou normálně udržovány na svém místě díky účinku svaloviny stěny jícnu a fixaci jícnu při jeho průchodu bránicí. Jestliže tento mechanizmus nefunguje správně, dojde k navracení (reflexu) žaludeční šťávy do jícnu.
Lékaři používají výraz reflux k popisu situace, kdy nějaký druh tělesné tekutiny teče v těle nesprávným směrem. Ačkoliv reflux kyselého obsahu žaludku je asi nejběžnějším problémem tohoto druhu, může se podobná situace objevit v různých jiných systémech. Zpětný tok kyselého obsahu žaludku do jícnu je poměrně častou poruchou, a pokud se vyskytne ve větší míře, přivodí trávicí potíže.
Reflux žaludečního obsahu je jistě nejběžnějším v dětství a ve stáří, ačkoliv se také často vyskytuje ve středním věku. Také může způsobit problémy v těhotenství, protože děloha má tendenci tlačit břišní obsah vzhůru.
Žaludek je svalový vak uložený v horní části břicha. Je spojen na svém horním konci s jícnem a na dolním konci s dvanáctníkem (první část tenkého střeva). Stěna žaludku se skládá z tlusté vrstvy svalů a je vystlána výstelkou (epitel). Žaludek slouží jako rezervoár pro potravu. Sliznice produkuje žaludeční šťávu, která obsahuje kyselinu chlorovodíkovou a enzymy pepsiny, které rozštěpují bílkoviny na nízkomolekulární peptidy. V žaludku je potrava smíchávána dohromady s trávicími šťávami, dokud se nevytvoří kaše, která je pak posunuta do dvanáctníku. V místě spojení žaludku a dvanáctníku je svalový prstenec zvaný pylorický svěrač, který se čas od času uvolní a umožní průchod potravy do dvanáctníku. Potrava je pak protlačována střevem, kde je dále trávena a vstřebávána.