Většinou signalizuje těžkou poruchu vylučovacího ústrojí, při níž dochází k propojení močové trubice a rekta. Tato choroba může být vrozená, nebo se objevit během života a souvisí s píštělí, čímž se pak mohou výkaly objevit v moči a naopak. Močové ústrojí se však neumí chránit proti střevním bakteriím, takže pacientovi hrozí těžké záněty. Řešením je chirurgický zákrok.
Jestliže je fekalúrie vrozená, pravděpodobně bude souviset s dalšími anomáliemi trávicí trubice.