Bolest tohoto orgánu se vyskytuje poměrně často, a to zvlášť při traumatech jako rána při sportu, špatné dosednutí, sexuální styk a další. Na vině mohou být také velmi upnuté džíny či spodní prádlo a bolest varlat bývá provázána s bolestí bederní páteře. Častěji než zánět varlete se objevuje zánět nadvarlete, který se projevuje otokem, zduřením či bolestí. Příčinou bývá kapavka přenášená pohlavním stykem a další choroby napadající prostatu či močovou trubici. Tyto záněty jsou léčeny antibiotiky. Bolest může způsobit také otočení neboli torze varlete, při kterém jsou zaškrceny cévy, čímž může dojít i k trvalému poškození orgánu. Řešením je chirurgický zákrok.
Nejvážnějším onemocněním varlat, které rovněž vyvolává bolesti, jsou tumory. Většinou však nebolí, a právě v tom tkví největší zrádnost tohoto onemocnění. Muži by tak měli provádět samovyšetření varlat, při kterém mohou jejich zvětšení, zmenšení, hrbolky či další změny povrchu odhalit. Ve většině případů není pociťována přímá bolest, ale spíše jakýsi dyskomfort.
Jakmile muži zjistí, že je něco s jejich varlaty v nepořádku, musí ihned vyhledat praktického lékaře a následně urologa. Při torze varlete je volen chirurgický zákrok, díky kterému se varle vrátí do správné polohy. Pokud se muži z důvodu stydlivosti návštěvě doktora vyhýbají, hrozí jim trvalé poškození tohoto orgánu. Lékaře je nutné okamžitě vyhledat při jakýchkoli změnách na varleti, neboť pouze doktor může vyloučit maligní proces. V současné době lze zhoubné nádory na varleti léčit a šance na uzdravení je v případě včasného odhalení nemoci poměrně vysoká. Nejdůležitější roli však hraje čas, neboť při odkládání návštěvy lékaře může nádor metastazovat a vést až ke smrti.